A raiz del post sobre bugtracker instalé FlySpray siguiendo la recomendación de Abel. Funciona muy bien y permite hacer un seguimiento sencillo de bugs, pero se hecha en falta algunas cosas como un mayor control del estado en que queda el error.
Después en el trabajo estuve buscando una herramienta de gestión de proyectos y encontré PhpCollab, que es una aplicación web opensource de gestión de proyectos. Permite gestionar proyectos, asignando tareas al personal participante, crear un foro de debate para cada proyecto y almacenar la documentación del mismo. Además permite crear webs de cada proyecto con una versión para el cliente del mismo y a través de la cual podemos recibir las peticiones de soporte. Recomendable al 100%. También se integra con Mantis, aunque esto no lo he probado todavía, pero creo que va a ser una combinación ganadora.